A magyar történetírásban sokáig egyöntetű volt a vélemény, hogy a XVI–XVII. században az Oszmán Birodalom által megszállt magyar területeken a török tűzzel-vassal irtotta a keresztény intézményeket, hatalma kiteljesedésének legfőbb ellenségeit a keresztény tanításnak elkötelezett közösségekben látta.
Legelszántabb ellenségének a katolikus egyházat tekintette, ennek köszönhető, hogy a hódoltsági területeken a magyar katolikus egyház teljes mértékben elveszítette hagyományos intézményeit – a török uralom százötven éve alatt a megszállt területeken egyetlen magyar püspökség sem működött –, a közösségek maradványai személyes kapcsolatok révén kötődtek a királyi országrészben élő püspökeikhez, akik viszont teljes körű joghatóságot gyakoroltak a hódoltsági papok és híveik fölött. Ezt a kapcsolatot azonban a pápaság nem szentesítette, emiatt a hódoltsági egyház magyar intézményei kívül maradtak Róma missziószervezési törekvésein, és ezzel – elsősorban az ország déli területein, Szlavóniában, Szerémségben és a Temesközben – szabad térfoglalási lehetőséget biztosított más egyházi felekezetek megjelenésének, tevékenységük kiteljesítésének.
Csohány János A XVI. századi református egyház és a török című tanulmányában viszont így fogalmazott: „A török azt a felekezetet engedélyezte, amelyet a nép kért, és amelyért fizetett. A meghódolt lakosság pacifikálása, helyben maradása, termelési kedve érdekében – kellő fizetség után – készséges volt a török, engedte, hadd válogasson a magyar a felekezetek között.” Ez viszont azt jelentette, hogy a különböző felekezetek erején és rátermettségén múlott a tér- és helyfoglalásuk eredménye.
Molnár Antal Katolikus missziók a hódolt Magyarországon I. (1572–1647) (2002) című munkájában egy lépéssel tovább ment, amikor megállapította: amíg a XVI. században a megszilárduló protestáns felekezeteknek a királyi és erdélyi országrészeken túlmenően, jelentős német és svájci kapcsolataik is voltak, addig a török hódítás során jelentős részben megsemmisült katolikus intézményrendszer teljesen más irányból, ferences szerzetesi rend megjelenésével a Balkán felől kapott erősítést az újjászerveződéshez.
Molnár Antal könyvében idézte Josip Buturac Katolička Crkva u Slavoniji za turskoga vladanja (Zagreb, 1970) című munkáját, eszerint a XVI. század közepén elsőként a Maros–Tisza–Duna köze és Bácska vált homogén délszláv lakosúvá. Ezután következett a Dunántúl, a Duna mente, föl egészen Budáig. Somogy, Tolna és Fejér megyében a XVII. században is folyamatosan költöztek be délszláv telepesek, egyedül Baranya őrizte meg magyar őslakosságát. „A betelepülők kisebb része török szolgálatban álló várkatona (martalóc), vagy eflák (vlach) volt, ez utóbbiak az oszmán állami (legtöbbször katonai) szolgálat miatt adózási kiváltságokkal rendelkeztek. A délszlávok másik, szám szerint nagyobb csoportját az elnéptelenedett déli területeket megszálló földművesek alkották.”
Az Alföldön a ferences rendtartomány foglalt magának területet: Gyöngyösön, Szegeden és Jászberényben a ferences kolostorok olyan mély társadalmi gyökeret engedtek, hogy a szerzetesek hatására a városi lakosság jelentős része hű maradt katolikus hitéhez. A három kolostor a török hódítást követően is fennmaradt, falaik között viszonylag tekintélyes létszámú szerzetes lakott.
A XVI. század végétől a XVII. század elejéig jelentős katolikus tömböt alakítottak a Bácskában megtelepült bosnyákok, akiket már a korabeli források is sokácoknak és bunyevácoknak neveztek. „A XVII. század derekán készült jelentések szerint fontosabb településeik Bács, Baja, Bajmok, Béreg, Bukin, Gara, Hercegszántó, Jánoshalma, Kollut, Mélykút és Zombor voltak.” A XVII. századi beszámolók szerint a Dél-Dunántúlon, továbbá Somogy és Baranya megyék Dráva menti részén jött létre egy jelentősebb délszláv katolikus sáv. Matej Benlić szerint a XVII. század derekán a hódoltsági Magyarországon a katolikusok száma megközelítette a 170.000 főt, ebből 50.000 Szlavóniában, 16.000 a Szerémségben, 52.000 a Dunántúlon, 9000 a Bácskában, 11.000 a Maros–Tisza–Duna közében (csanádi egyházmegyében), 2000 Buda és Esztergom között, végül 30.000 a váci és az egri egyházmegyében élt. (Borsa Iván–Tóth István György Benlich Máté belgrádi püspök jelentése a török hódoltság katolikusairól 1651–1658; Levéltári Közlemények, 60. 1989) Ezzel egy időben Szlavóniában, a Drávától délre eső területeken, Valpó, Eszék és Vukovár környékén jelentős horvát református kisebbség élt. Josip Buturac számításai szerint a török uralom utolsó évtizedeiben Szlavónia és Szerémség mintegy 222.600 lakójának egyharmada volt katolikus, fele muszlim, 13,7%-a ortodox és 5%-a református. Ez a boszniai eredetű és dél felől folyamatosan gyarapodó szlavóniai katolikus népesség lett a hódoltsági katolicizmus „talapzata”, gazdag plébániái nagyban hozzájárultak a boszniai ferences kolostorok és a missziós egyházszervezet fennmaradásához.
Molnár Antal szerint a déli területeken kétségtelenül volt átjárás az új délszláv egyházi struktúrák és a magyar egyházi intézményrendszer maradványai között.
„Ezt igazolja a raguzaiak rendszeres segítsége a hódoltsági katolikusoknak, illetve a bosnyák ferencesek és a boszniai püspök tevékenysége (vagy pontosabban az erre való igény) a magyarlakta Dél-Dunántúlon.” Ezen túlmenően nem szabad lebecsülni „a falusi közösségek ragaszkodását a vallási hagyományokhoz”, ami a XVII. században döntő szerepet játszott a katolikus vallás megmaradásában. „A hódoltsági falvak jelentős része a pap- és prédikátorhiány miatt a XVI. században egy felekezetek alatti vallásosság szintjére süllyedt, amelyben katolikus és református elemek szépen megfértek egymás mellett, ezek tisztogatása egyaránt éppen elég gondot okozott a prédikátoroknak és a misszionáriusoknak.” A falvak számára legfontosabb volt, hogy találjanak lelki vezetőt, ez pedig a bizonytalan felekezeti tudatú közösségek esetében kínálattól függően lehetett katolikus pap, katolikus prédikátor vagy protestáns prédikátor, aki szolgálata idejére, vagy ha elég hatásos volt, azon túl is befolyásolta hívei felekezeti hovatartozását.
A fentiekből kitűnik, a hódoltsági területeken a reformáció sikerei ellenére is nagyszámú katolikus népesség maradt fenn, ami elsősorban a délszláv katolikusok bevándorlásával, a raguzai és bosnyák egyházi intézmények megjelenésével magyarázható.
