Az egyetemi karok nem tudják önerőből kifizetni az akkreditáció körüli kiadásokat, sőt az sem tisztázott, hogy ki fedezi a költségeket, az alapító vagy valaki más – jelentette ki több ízben is Radmila Marinković-Nedučin , az Újvidéki Egyetem rektora az akkreditáció második köre előtt. Ismeretes, hogy a tavaszi hónapokban fejeződött be az akkreditáció első köre, amikor 11 egyetemi kar és felsőoktatási intézmény jutott munkaengedélyhez, sőt immár a második kör is lezajlott, amikor az Újvidéki Egyetemről a Mezőgazdasági Kar és a Közgazdasági Kar megkapta a munkaengedélyt, a harmadik vajdasági jelentkező, a Bölcsészettudományi Kar azonban nem, kérelmét visszautalták kiegészítésre. Az akkreditációt 2009 júniusáig kell lebonyolítani, amelyik kar vagy stúdiumprogram nem jut engedélyhez, a 2009/10-es tanévben nem kezdheti meg a munkát.
Az egyetemekre, karokra ugyanakkor valóban nem kis térítés előteremtése vár, amennyiben valaki valamilyen módon nem vállalja magára a költségeket. Az egyetem akkreditációja ugyanis 900 000 dinárba, a karé 450 000 dinárba, a stúdiumé 180 000 dinárba, a felsőoktatási intézmény akkreditációs bizonylata 60 000 dinárba, egy-egy stúdium bizonylata pedig 25 000 dinárba kerül. Egy-egy óriási intézmény költségei több millióra rúghatnak, pl. az újvidéki Műszaki Tudományok Kara 65 stúdiumprogramjával e célra 14 millió dinárt kell előteremtsen.
Az első ciklusban négy kart akkreditáltak az Újvidéki Egyetemről, a másodikban jelentkezett a Bölcsészettudományi Kar 42 stúdiumprogrammal, a Mezőgazdasági Kar 31-gyel és a Közgazdasági Kar 22-vel. Az akkreditáció harmadik ciklusában a Jogi Kar, a Testnevelési Kar, a Szabadkai Magyar Tannyelvű Tanítóképző Kar és a Pedagógiai Kar következnek.
