Rohamosan fejlődő világunkban a szexuáletikai és bioetikai kérdések jelentik a katolikus egyház és a szekularizált társadalom közötti legnagyobb ütközési felületet. Sokak számára az egyháznak az emberi élet kezdetéről és végéről, a fogamzásgátlásról, a házasságról szóló tanítása teljességgel elfogadhatatlan, és úgy érzik, egy idejétmúlt, ósdi intézmény erővel kívánja befolyásolni szabad akaratukat és magánéletük legintimebb szféráját. Ennek szerves része a mesterséges terhességmegszakítás kérdése, amelyet a katolikus egyház teljes egészében tilt, miközben sokan azzal érvelnek, hogy a nő joga eldönteni, világra akarja-e hozni gyermekét.
Az egyház szerint a zigóta már olyan egyetlen sejttel rendelkező individuum, amely az emberi élet lehetőségét magában hordozza. Ebből kifolyólag a közvetlen, művi terhességmegszakítás tilalmának alapja az ember földi életét védő természetjog, az ember, a magzat élethez való joga és az ember örök életre szóló meghívása, melynek csak a megszületett, öntudatos ember tud eleget tenni. Ebből kifolyólag minden keresztény felekezet egyetért abban, hogy a magzatelhajtás szemben áll a hatodik paranccsal: Ne ölj!.
Az ősegyház a terhesség negyvenedik napjáig engedélyezte a terhességmegszakítást. Míg az egyházi törvényhozás az abortuszt gyilkosságként ítélte el, a moralisták és jogászok között fölvetődött a kérdés: vajon minden terhességmegszakítás gyilkosság-e? A kérdést az animáció máig megoldhatatlan kérdése, vagyis az elevenítő lélek befogadásának tanítása határozta és határozza meg ma is. Az animáció azonban ismeretlen pillanatban történik meg. Bibliai alapokra hagyatkozva az ősegyházban kétféle nézet alakult ki: a késleltetett animációt vallók szerint fiúmagzatoknál a negyvenedik nap, lányoknál legfeljebb a kilencvenedik nap környékén kerül a lélek a magzatba. Mivel bizonyos ideig a magzat nem hordoz értelmes lelket, ezért az animáció időpontja előtt elkövetett abortusz bűn ugyan, de nem emberölés. A közvetlen animáció képviselői szerint azonban már az első pillanattól jelen lehet a lélek, így annak elpusztítása emberölés. A teológusok, többek között a genetikára is hagyatkozva, az utóbbi felé húznak, s az egyház is ezt tanítja.
Sok nem keresztény értékrendű országban az abortuszra csak különleges esetekben kerülhet sor, vagyis ha veszélyezteti az anya életét, súlyosan sérült a magzat, erőszakból fogant, de a gyakorlatban az anyának elég csak arra hivatkoznia, hogy jelenlegi életkörülményei nem teszik lehetővé a gyermeknevelést. Az egyház következetesen elutasítja a család anyagi helyzetére hivatkozó, vagyis az önzésen alapuló abortuszt, és helyette az egész társadalom és az egész emberiség összefogását sürgeti a valóban emberi körülmények általános biztosítására. Az eugenikus, fajnemesítő indokokat is elutasítja, vagyis nem szabad megölni a magzatot, ha súlyos testi vagy szellemi károsodással jönne a világra, ugyanis az egyház szerint semmiféle nyomorúság nem szünteti meg az emberi élet értékét. A történelmi tapasztalatok szerint a fajnemesítés a nácizmusban mutatta meg szélsőséges következményeit.
Még a művi terhességmegszakítást tiltó, keresztény értékrendű országokban is jellemzően engedélyezik az abortuszt, ha a várandósság nemi erőszakból alakul ki. Ez emberileg teljességgel érthető, hiszen az anya pszichésen alkalmatlan lehet a gyerek felnevelésére, igaz megeshet ennek ellentéte is. Azonban egy erőszakból született gyermek felnevelésére elképesztő emberi nagyság kell, s igazán nehéz hibáztatni valakit, ha fölmerül benne ilyenkor a terhességmegszakítás lehetősége. Azonban katolikusként ezt sem teheti meg, hiszen az élet, amely ilyenkor keletkezhet, ártatlan. Bűn az abortusz, de súlyos bűn a nemi erőszak is. Egy bűn legalizál-e egy másik bűnt?
Az egyház csak a közvetett abortuszt tartja megengedhetőnek, amelyet az erkölcsteológiában ismert duplex effectus (kétszeres hatás) teszi lehetővé. Előfordul, hogy jót kívánunk tenni, de ezen cselekedetünk következményei súlyosan rosszak lehetnek. Ilyen példa az, amikor egy orvos megmentheti beavatkozásával az édesanyát, de könnyen lehet, hogy elpusztítja a magzatot. Ilyenkor nagyon nehéz helyzetbe kerül, mert bár jó szándék vezérli, a lelkiismerete teher alá kerül. A helyzet feloldása a szándéketikában valósul meg: ha a beavatkozás célja nemes, de előfordulhat közben baleset, azért erkölcsileg nem felel az orvos. Az ezen kívüli esetekben viszont az egyház szerint nincsen olyan nemes szándék, amely arányban állna egy élet elvételével, hiszen nem egy életet mentünk meg egy másikért, hanem egyet kioltunk egy másik miatt.
Az abortusz kérdésénél alapvetően meg kell érteni, hogy a katolikus egyház csupán saját hívei számára fogalmaz meg kötelező érvénnyel tanításokat, s egy országban, a társadalom részeként pedig él a véleményezés jogával. A legfontosabb viszont az, hogy semmilyen esetben sem fordulhat szembe a szentírásból eredeztetett alapjaival, hiszen ezzel saját létét kérdőjelezné meg.
