Néhány nappal a német fegyverletétel után, 1945 májusában üzenet érkezett Pozsonyból: Esterházy Jánost letartóztatták. Amint nővére könyvéből kiderül (Esterházy Lujza: Szívek az ár ellen; Püski Kiadó, 1991), a gróf éppen a Magyar Házban készített kollégáival egy memorandumot, amelyben a csehszlovák hatóságok védelmét kérték a magyar lakosság számára. A szöveget átadandó Esterházy kihallgatást kért Gustav Husák belügyi megbízottól, el is indult hozzá, ám barátai hiába várták vissza. Mint utóbb kiderült: letartóztatták.
Ennyi idő elteltével úgy gondolhatjuk, az adott pillanatban Esterházy gróf nem volt naiv, de lehetett volna elővigyázatosabb. Hiszen a kormány akkor már meghirdette az úgynevezett kassai programját, amely meglehetősen világosan rendelkezett a nemzeti kisebbségek kitoloncolásának elképzeléséről. Barátai egyébként előzőleg – amikor már nyilvánvalóvá vált, hogy orosz megszállás fog bekövetkezni – idejekorán kérlelték, távozzék nyugatra, hiszen mégiscsak gróf, ily módon az oroszoknak első számú osztályellensége lesz majd, de ő elzárkózott az emigráció lehetőségétől. Nyilván bízhatott abban – és joggal –, hogy az új hatalom emlékezni fog a náci rendszerrel szembeni bátor kiállására.
Bírái előtt felvonultathatta volna egész addigi életét. A múlt század harmincas éveinek derekán már ő az irányítója a két pártból összeálló Egyesült Magyar Pártnak, Beneš államfő miniszterséget ajánlott neki, de ezt csak úgy vállalta volna, ha orvosolják a magyarság sérelmeit. Horthy kassai bevonulásakor felszólította a magyar vezetést: adják meg a szlovák kisebbségnek azokat a jogokat, amelyeket ő Prágától a magyaroknak kért, szót emelt a magyar csendőrök brutalitása ellen, az euforikus lakosságot pedig mérsékletre intette. Az igazi meglepetést azonban azzal okozta, hogy nem költözött át Budapestre, hanem a Szlovákiában visszamaradt mintegy 65–70 ezer magyarral vállalt sorsközösséget.
Az Esterházy tevékenységét több könyvben is megörökítő Molnár Imrét idézzük a legfontosabb eset leírásakor: „A kispolgári őrület és nihilizmus korában egyre nyilvánvalóbb elszántsággal tudott megmaradni embernek, patriótának és keresztény világpolgárnak. Ellenfele volt a régi Csehszlovákiának, de sohasem barátkozott a köztársaságot elpusztító fasiszta eszmével. Könnyed eleganciával tette karba kezét a szlovák parlament üléstermében 1942. május 12-én a 68-as számú törvény megszavazásakor is, mely Németország után elsőként rendelte el a zsidók deportálását. A parlament 80 képviselőjének karja az övé kivételével egy emberként lendült a magasba.”
Elmondhatott volna még egyet s mást, mindez azonban akkor (sem azóta) nem számított. Az új rend helytartói azzal vádolták meg, hogy „hosszú éveken át dolgozott a trianoni békeszerződés revíziója érdekében és ezzel hozzájárult a csehszlovák állam 1938-as katasztrófájához”. Nos, Esterházy, aki egyébként mindvégig azt hangoztatta, hogy „a szlovák népet nem tekinthetjük sem idegennek, sem ellenségnek, hisz évszázadokon át közös hazában éltünk”, ő tehát 1935-ben, amikor képviselő lett a prágai parlamentben elmondta: „Bennünket, magyarokat senki sem kérdezett meg, amikor Szlovenszkóhoz csatoltak minket, ezért legalább azt elvárjuk, hogy kisebbségi, kulturális, gazdasági és nyelvi jogainkat a mindenkori csehszlovák kormányok száz százalékig megtartsák”. Valójában ez is elegendőnek mutatkozott arra, hogy őt (s a vele szolidaritást vállaló magyar kisebbséget) bűnösnek tekintve a csehszlovák kormány el tudja hitetni a világ közvéleményével, hogy a magyar kisebbség tönkretétele és kiűzése teljesen jogos.
A nyilas hatalomátvétel után Budapesten bebörtönözték, 1944 végén szabadult s bujkált a Gestapo elől. 1945 tavaszán Pozsonyban lefogták és a Szovjetunióba vitték, ahol tíz év munkatáborra ítélték. 1947 szeptemberében a csehszlovák népbíróság mint hazaárulót, fasisztát és kollaboránst távollétében halálra ítélte. A súlyos tüdőbeteg Esterházyt 1949-ben küldték haza Szibériából, ítéletét „kegyelemből” életfogytiglanra változtatták. 1956-ban a morvaországi Mírovba vitték, az ottani börtönben halt meg 1957-ben. A holttestet elhamvasztották, s még a maradványokat sem adták ki a családnak. (Néhány éve derült csak ki, hogy az Esterházy hamvait tartalmazó urna egy prágai köztemetőben lett elhantolva, jeltelen közös sírban.) 1993-ban Göncz Árpád kérésére az orosz legfelsőbb bíróság Esterházy ítéletét semmisnek mondta s rehabilitálta – ez azonban mind Csehországban, mind Szlovákiában máig késik. Most áprilisban prágai tárgyalásai során Schmitt Pál ismét felvetette Esterházy rehabilitációjának ügyét. A magyar államfő ezúttal találkozott a csehországi magyarokkal is.
A Nyitraújlakon 110 esztendeje született felvidéki mártírpolitikusra emlékezik a Cseh- és Morvaországi Magyarok Szövetsége május 21-én, szombaton. Az olmützi (Olomouc) Szent Vencel-székesegyházban ünnepi szentmisét tartanak, majd a mintegy húsz kilométernyi távolságra található Mírov község rabtemetőjében megkoszorúzzák Esterházy János jelképes sírját.
