Magágykészítéskor akkor van szükség talajfertőtlenítésre, ha a felvételezéskor négyzetméterenként 3 db drótféreg és pajor található. A talajfertőtlenítőt a talajba 5–8 cm-re kell a vetés előtt bedolgozni. A szója növényápolása kémiai és mechanikai gyomirtásból áll. A vegyszeres gyomirtás mellett mechanikai gyomirtásra is szükség van egyes évjáratokban. Így a szóját a tenyészidő folyamán esetleg egyszer vagy kétszer géppel is meg kell kapálni (kultivátorozás). A kultivátorozás ne töltsön talajt a növényre, mert növeli a betakarítási veszteséget.
Vetés előtt és után is szükség lehet gyomirtós kezelésre. A szója jelentős terméstcsökkentő és betakarítási veszteséget okozó gyomnövényei a muharfajok, a kakaslábfű, a disznóparéj és libatopfélék.
Előfordul, hogy a vetés és kelés előtt alkalmazott vegyszerek ellenére is gyomosodik a szója. Ilyenkor posztemergens kezelésre vagy mechanikai gyomirtásra van szükség.
Betegségei közül a vírusos rügyszáradás és a szója-sárgamozaik a legjelentősebb. Ellenük agrotechnikai módszerekkel védekezhetünk, így a négyéves váltás megtartásával és egészséges, magas szaporulatfokú vetőmag használatával. A baktériumos eredetű betegségek közül a levélfoltosság a baktériumos fekély vagy hólyagos levélfoltosság a jelentősebb.
Gombás betegségek a fuzáriumos hervadás, a fehérpenészes szárrothadás és a szójaperonoszpóra. Kártevői a bagolylepkék, a bogáncspille, az akácmoly, a rétimoly, az atkák és a levéltetvek, nemcsak károsítók, hanem betegségterjesztők is.
